Les déchets radioactifs résultant de l’exploitation de la centrale doivent être traités de telle manière que leur manipulation et leur stockage soient possibles. Figurent notamment parmi ces déchets des résines échangeuses d’ions, des filtres et résidus de filtres, des concentrats provenant de l’évaporation des effluents liquides, des produits de nettoyage et des vêtements de protection.
A l’exception des résines échangeuses d’ions utilisées dans le système de décontamination du caloporteur du réacteur, ces déchets d’exploitation ne sont en général que faiblement radioactifs.
Les résines d’échange ionique et les concentrats d’évaporateur subissent une dessiccation avant d’être liés à du bitume et mis en fûts étanches de 200 litres, afin de pouvoir être remisés dans l’entrepôt de stockage intermédiaire de la centrale. Les déchets combustibles ainsi que les petites pièces métalliques peuvent être traités dans le four à plasma du Centre de stockage intermédiaire pour déchets radioactifs (ZZL) de Würenlingen, avec vitrification des scories ainsi obtenues. Les chandelles de filtrage et les métaux moyennement radioactifs sont noyés dans du ciment, mais peuvent être aussi stockés dans des conteneurs de protection massifs. Leur stockage final ne nécessitera alors aucun autre traitement ultérieur.
La centrale nucléaire de Gösgen (KKG) produit en moyenne quelque 50 litres de déchets d’exploitation par jour, conditionnés en vue de leur stockage. Les déchets de moyenne activité représentent 20 fûts environ par an, les déchets de faible activité quelque 60 fûts. Les équipements et les outils contaminés réutilisables sont décontaminés.
La KKG dispose de deux dépôts de déchets souterrains séparés physiquement l’un de l’autre. La capacité du dépôt pour déchets de faible activité est de 4300 fûts, celle du dépôt pour déchets de moyenne activité de 600 fûts. En cas de nécessité, il est également possible de stocker des fûts de déchets au centre de stockage intermédiaire pour déchets radioactifs (ZZL). Au premier semestre de l’année 2015, ce sont ainsi au total 1577 fûts remplis de déchets faiblement et moyennement radioactifs, conditionnés pour un stockage définitif qui avaient été transférés au ZZL. Les fours de ce centre ont produit depuis 2005 près de 250 fûts supplémentaires.