Die im Kraftwerkbetrieb anfallenden radioaktiven Abfälle werden so behandelt, dass ihre Handhabung beziehungsweise Lagerung möglich ist. Zu den Abfällen zählen unter anderem Ionenaustauscherharze, Filter und Filterrückstände, Konzentrate aus der Verdampferanlage für Abwässer, Putzmaterialien und Kleidungsstücke.
Die Betriebsabfälle sind mit Ausnahme der Ionenaustauscherharze aus der Reinigungsanlage des Reaktorkühlmittels in der Regel nur schwachaktiv.
Ionenaustauscherharze und Verdampferkonzentrate werden getrocknet und in 200-Liter-Einheitsfässern in Bitumen eingebunden, bevor sie im kraftwerkeigenen Zwischenlager eingestellt werden. Brennbare Abfälle sowie kleinere Metallteile können im Plasmaofen des Zentralen Zwischenlagers für radioaktive Abfälle (ZZL) in Würenlingen aufgeschmolzen und mit einer Glasmasse vermischt eingegossen werden. Verpresste Filterkerzen und mittelaktive Metalle werden in Zement eingebunden. Letztere können auch in massive Abschirmbehälter eingebracht werden. Für die spätere Tiefenlagerung ist keine weitere Behandlung nötig.
Im Durchschnitt fallen im Kernkraftwerk Gösgen (KKG) täglich etwa 50 Liter endlagerkonforme Betriebsabfälle an. Die mittelaktiven Abfälle ergeben pro Jahr etwa 10 Fässer, die schwachaktiven Abfälle etwa 60 Fässer. Wieder verwendbare kontaminierte Anlagenteile oder Werkzeuge werden dekontaminiert.
Das KKG verfügt über zwei räumlich getrennte, unterirdisch angelegte Abfalllager. Das Lager für schwachaktive Abfälle fasst 4300 Fässer; im Lager für mittelaktive Abfälle können 600 Fässer eingestellt werden. Bei Bedarf können Abfallfässer auch im ZZL gelagert werden. Bis Mitte 2015 wurden bereits 1577 für die Endlagerung konditionierte Abfallfässer mit schwachund mittelaktivem Abfall ins ZZL überführt, rund 250 Fässer sind dort seit 2005 zusätzlich aus der Verbrennung angefallen.